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Events:Slicer-Tokyo-WS-rehersal

2010-03-13T14:59:35Z

Hong: /* DTI */

=リハーサル完了者はその旨記載してください=

*鄭　常賢
*鈴木孝司終わりました．ワークショップ指定のバージョンを使用しています．
**Windows XP SP3 Pentium4 3.4GHz，メモリ3GB かなり操作が重くなりましたが，どうにかOK
**Windows XP SP3 Core2Duo 2.53GHz、メモリ3GB ↑より全然サクサク
**Mac OS X 10.5.6 2x2.8GHz Quad Core Intel Xeon，メモリ8GB 比較的サクサク
**当日このmacをサブプロジェクタに繋いで，講師用に使おうと思っています．
*徳田淳一
*ヘルランバン　ニコラス
*林雄一郎
*山田篤史　Japanese_ImageGuidedTherapyPlanningPart2.pptのアノテーションの計画前まで動作確認終了（出張中ですのでまだここまでです．すいません）．
**Mac OS X 10.6.2, Core2Duo 2.53GHz, メモリ4GB（MacBook Pro 13inch）．
**拡散強調画像やテンソルの作成，AnatomicalMRIRegisteredDTI.mrmlの読み込み（Japanese_ImageGuidedTherapyPlanningPart2.pptの35ページ直前の読み込み処理）で多少時間がかかります．
**動作に関しては特に問題ありません．
**Windows7, XPでの動作チェックは今晩（日本時間13日夜）おこなう予定です．→Windows7 ProでJapanese_ImageGuidedTherapyPlanningPart2.pptのアノテーションの計画前まで動作確認終了しました．特に問題ありませんでした．環境はWindows7 Pro (32bit) on Parallels5, Core2Duo 2.53GHz シングルコア割当て，2GBメモリ割当てです．Parallels 5で起動するときには，起動前にConfigurationのVideoの項目で，Enable 3D accelerationにチェックを入れ，Enable vertical synchronizationのチェックを外さないと，Slicer3が起動しない，3D Viewが表示されないといった不具合がありました．--[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 22:32, 13 March 2010
*波多伸彦　おわりました。MAC OS 10.6.2問題なし。
*洪在成　終了しました。大きな問題はありません。コメントは下記に。Vista, 4G

= Japanese_Slicer3Course_DataLoadingAndVisualization.ppt =

*95,96ページ:順番が逆だとおもいます．
*108ページ：監修が監守になっているのとPlanningのスペルミス．その他のファイルでも同様のようです．

= Japanese_ImageGuidedTherapyPlanningPart1.ppt =
== アフィン変換まで ==
*途中でソフトウェアが落ちたり，何らかの理由でつまづいたとき，最初に戻るしかないんですよね？([[User:Takashisuzuki|Takashisuzuki]] 11:21, 6 March 2010 (UTC))
**「シーン」の保存をしょっちゅうやるといいです。--[[User:Noby|Noby]] 12:28, 6 March 2010 (UTC)
*10ページ：頭部画像では右と左が感覚的に逆になることを非臨床系のユーザのために一言書いておいた方がベターかもしれません．
*10ページ：損傷→病変
(clinical_backgroundの中で「頭部外傷によるMRI撮像で腫瘍が発見された」とあるので
損傷は誤解を招くと思われます．)
*10ページ：神経膠腫になると予測→神経膠腫であると推測
(clinical_backgroundにあるring enhanceはグリオーマと診断するポイントだそうです．)
*11ページ：左前頭骨→左前頭部
*28ページ：patient dataset/language_fMRI/Analyze →patient dataset/language_fMRI/Raw/Analyze
*33ページ：「アフィン変換は回転,平行移動,スケール,固定された画像にもう一方の画像を位置あわせするために必要なせん断を推定」→「アフィン変換は固定された画像にもう一方の画像を位置あわせするために必要な回転,平行移動,スケール,せん断を推定」
== セグメンテーション ==
*３．腫瘍の３Dモデルを作成Simple region growingで問題がありました．資料に沿って１データの読み込み，２位置あわせ，と順番に行うと，セグメンテーション結果が得られません．一方，Slicerを再起動して，SPGRのデータだけ読み込み，セグメンテーションを行うと結果が得られます．計算機はWindows XP SP3　32bit，SlicerはSlicer3-3.4-2009-05-21-win32.exeを使用しています．このような現象は皆様のところでも確認されているでしょうか．
**Mac OS X 10.6.2 MacBookPro 13inch 4GBでは問題ありませんでした．--[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 3:58, 9 March 2010
**同じくMacでは問題ありませんでしたが、スムージング（前処理）でCPUパワーが１００パーセントいきました。--[[User:Noby|Noby]] 04:23, 10 March 2010 (UTC)
**windows版で実施しました．セグメンテーションはできましたが，simple region growingの段階でピンクや紫を指定して実行しても，その後のmodel makerを実行すると作成されるモデルが黒になります．Modelsモジュールを開いてTumorの色を黒から他の色に指定するとちゃんと表示されます．-[[User:Takashisuzuki|Takashisuzuki]] 12:06, 10 March 2010 (UTC)
**Windows7で実施しました．鈴木先生同様に，セグメンテーションはできましたが，simple region growingの段階でピンクや紫を指定して実行しても，その後のmodel makerを実行すると作成されるモデルが黒になります．Modelsモジュールを開いてTumorの色を黒から他の色に指定するとちゃんと表示されます．OS X 10.6.2で実行したときも同様でした．環境はWindows7 Pro (32bit) on Parallels5, Core2Duo 2.53GHz シングルコア割当て，2GBメモリ割当てです．--[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 21:17, 13 March 2010
**'''重要、重要、重要、要チェック、全員確認されたし。'''--[[User:Noby|Noby]] 12:34, 6 March 2010 (UTC)
*p 40. All moduleから探すよりは、registration ->affine registration順に探したほうが簡単。
*p 65 Multiplierの設定について説明がない、default2.5のままでも動くが、5程度にしたほうがモデルの出来が良いみたい。
*p 75, Model -> Backface Culling をdefaultのonのままにすると、opacity１の時にモデル表示に違和感がある。offにしたほうが、むしろ自然な表示ができる。

== アトラス ==

= Japanese_ImageGuidedTherapyPlanningPart2.ppt =
(チュートリアル内でどこまで親切に記述すべきかわかりませんが，とりあえず情報の追加をしておきます．--[[User:Takashisuzuki|Takashisuzuki]] 02:32, 11 March 2010 (UTC))
== DTI ==
*6ページ：Part1の最初に行ったanatomical-MRIの読み込みを行う．
*13ページ：Part1からの引き続きの内容なので，このファイルでは不要．
*拡散強調画像の読み込みの部分を試しているのですが，データを読み込んだ後，Volumeモジュールを開き，ActiveVolumeを読み込んだDTIのデータにするとエラーが発生して落ちます．もしかしたらメモリ不足（PCのメモリは2GB）かと思いますが，皆さんはどうでしょうか．
**Mac OS X 10.6.2 MacBookPro 13inch 4GBでは問題ありませんでした．--[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 4:00, 9 March 2010
**windows版で実行しています．データを読み込んだときに，「Completed with errors」となります．一度終了してDTIの読み込みからスタートすると正常に処理が終わるのでメモリがくるしいのかも？--[[User:Takashisuzuki|Takashisuzuki]] 12:39, 10 March 2010 (UTC)
**正常に終了したときにレイヤーにDiffusion Tensor Estimationの結果の一つ(メモ忘れ)が水色で表示されるので，ちょっと驚きます．--[[User:Takashisuzuki|Takashisuzuki]] 09:03, 11 March 2010 (UTC)
**同様に，19ページを実行すると表面が水色で表示されます．環境はMac OS X 10.6.2 MacBookPro 13inch 4GB，binary 2009-05-21です．--[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 11:52, 13 March 2010
**Windows7 Proで問題ありませんでした．ただし同様に，19ページを実行すると表面が水色で表示されます．環境はWindows7 Pro (32bit) on Parallels 5, Core2Duo 2.53GHz シングルコア割当て，2GBメモリ割当てです．--[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 22:24, 13 March 2010
**'''重要、重要、重要、要チェック、全員確認されたし。'''--[[User:Noby|Noby]] 12:34, 6 March 2010 (UTC)
*114ページ：Volumesモジュールのペインで設定をすると，資料によればテンソルが表示されるみたいですが，チェックボックスにチェックを入れてもテンソルが表示されませんでした．また，それ以降（116，117ページ）でも同様に画像に何も変化がありませんでした．このような現象は皆様のところでも生じますでしょうか．　環境はMac OS X 10.6.2 MacBookPro 13inch 4GB，binary 2009-05-21です．--[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 4:05, 9 March 2010
**チュートリアルPart2に習ってDWI→DTI→トラクトグラフィーまでうまく行きました．--[[User:Takashisuzuki|Takashisuzuki]] 09:06, 11 March 2010 (UTC)
**チュートリアルPart2に習って，Active VolumeをDiffusion Tensor Estimation Volumeに設定することで，DWI→DTI→トラクトグラフィの順番でうまく動きました．環境はMac OS X 10.6.2 MacBookPro 13inch 4GB，binary 2009-05-21です．--[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 11:48, 13 March 2010
**チュートリアルPart2に習って，Active VolumeをDiffusion Tensor Estimation Volumeに設定することで，DWI→DTI→トラクトグラフィの順番でうまく動きました．環境はWindows7 Pro (32bit) on Parallels 5, Core2Duo 2.53GHz シングルコア割当て，2GBメモリ割当てです．--[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 22:26, 13 March 2010
**チュートリアルPart2，24ページの「Glyph TypeをEllipsoidsに設定」を実行すると，Spacingが4くらいで滅茶苦茶重くなります．環境はMac OS X 10.6.2 MacBookPro 13inch 4GB，binary 2009-05-21です．--[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 11:48, 13 March 2010
*チュートリアルPart2，35ページを確認するためには，旧チュートリアル127, 128ページが必要だと思いますが，この2ページ分が抜け落ちているということでいいでしょうか．確認をお願いします．環境はMac OS X 10.6.2 MacBookPro 13inch 4GB，binary 2009-05-21です．--[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 12:16, 13 March 2010
*p6　Part1を終えて、sceneファイルを保存するように、ここで、そのsceneファイルを再読み込みするように注意が必要。自分はPart１を終えて全部閉じてしまったので。。。
**p12　anatomical MRIとDWIとのaffine　registrationがどうも上手くいかない。どなたか成功しましたか？
**p13 このスライドは前後とつながりがおかしいと思ったのですが、多分part1でsceneファイルをなくしたせいなのか。[[User:hong|Jaesung Hong]] 23:56, 13 March 2010

== 術前計画 (アノテーション) ==

= 全体について =
*windows版の最新版Slicer3-3.4.2-2010-01-06-win32.exeをインストール後，起動すると「Slicer Starting up...」というウィンドウが表示されたところでソフトが落ちます．Windows XP Pro SP3およびWindows 7で同じ状況です．そのためSlicer3-3.4.1-2009-10-15-win32.exe を使用しています．winユーザの皆様はいかがでしょうか？
**ワークショップのメインページで指定されたバージョンをつかってみてください。このページの親ページにあります。--[[User:Noby|Noby]] 12:31, 6 March 2010 (UTC)
**ワークショップ指定のバージョンは起動しました．WIndows7 Pro on virtual machine(Parallels 5, 2GB割当て), MacBook Pro 13inch --[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 6:12, 12, March 2010

= その他スタッフ向け情報 =
*会場は2・3・3・2人がけの机が10列並んでいます．空席なく座れば100名座れます．
**1,2,2,1人で座ると部屋に何人すわれますか？--[[User:Noby|Noby]] 12:44, 6 March 2010 (UTC)
***(1+2+2+1)×10列で60人です．--[[User:Takashisuzuki|Takashisuzuki]] 12:40, 7 March 2010 (UTC)
***'''決定 (2+2+2+2)を机をずらして、講師が通れるスペースを作って座ってもらう。後ろ、１、２列は講師の席'''

*正面にチュートリアル資料，右の壁にサブプロジェクタとして操作している画面を表示する想定です．
*講師が補助をしていないときに座る机を部屋全体にちらして作ったほうがいいです。（波多）
*講師の人が助けてあげるときに、机と机の幅がせまくて、受講者に近づきにくい気がします。（波多）
*AZEさんから名札用のストラップ100個持ってきて頂けることになりました．
*ワイヤレスアクセスポイントのキャパシティーが気になります（波多）
**取扱説明書で確認します．早稲田の学生さんは廊下を挟んで向かい側が居室なので，そこの電波を使ってもらいます．--[[User:Takashisuzuki|Takashisuzuki]] 12:40, 7 March 2010 (UTC)
*みなさんUSBメモリに、スライサーとデータをダウンロードして、もってきてください。準備ができていない人には、これを渡します。（波多）
*部屋の電源の全体容量はたりますか（波多）
**下記色分けしたゾーンで20Aずつだそうです．．--[[User:Takashisuzuki|Takashisuzuki]] 09:48, 8 March 2010 (UTC)
[[File:3DSlicer-room-twmu-jp.jpg|200px|thumb|left|Lecture room photo]]
[[File:lecture-room-layout-twmu-jp.jpg|200px|thumb|left|Lecture room layout plan]]
[[File:lecture-room-layout-twmu-jp-rev.jpg|200px|thumb|left|Lecture room layout plan (rev)]]
[[File:name-card-twmu-jp.jpg|200px|thumb|left|Name card for Tokyo WS]]

= 当日の作業 =
*朝8:30-9:00まで入り口で待機する係．
*記帳をしてもらう係(講習会は問題なさそうだが，講演会にたくさん来た場合の対応．)．
*講習会に遅れてきた人を確認して，名札を渡す係．
*写真撮影(集合写真，講習会風景，講演風景)をする係．
*特別講演のビデオ撮影係．(女子医大G-COEの関係でビデオ撮影が必要です．→波多先生，せっかくなので10分ごとの細切れにしてyoutubeにアップするとかいかがですか？)
*コーヒーブレイクの準備をする係．人数が多いのでポットとホットコーヒーで対応は無理．タリーズのケータリングは高くつく．館内の自販機・生協で個別に買ってもらう？
**それでいい--[[User:Noby|Noby]] 20:37, 11 March 2010 (UTC)
*お弁当配布係←適当に手分けでOK．
*部屋の片付け係(早稲田シグナス班，植松さん，坂本くん，市橋くんに依頼する)
*懇親会の飲み物受け取り(近所の酒屋から冷えた状態でデリバリー)←女子医大スタッフで対応します(お弁当1個で釣ります)

*懇親会の飲み物（波多が言い出しっぺなので、波多が個人的におかねだします。みんなどうもありがとう）--[[User:Noby|Noby]] 20:37, 11 March 2010 (UTC)

= お願い =
*東京近郊から参加される先生へ
**上記のように部屋にはそれなりにコンセントがあるのですが，電源タップが15個くらいは必要です．
**可能なだけ持ってきて下さい．持ってきて頂ける個数を書き出してもらえると見込みがつくので助かります．
***女子医大は現状で9個確保です．
***AZEさんから5個持ってきて頂くことになりました．
***あとどなたか2,3個ご持参頂けると助かります．
*当日は開始１時間前に集合しましょう。--[[User:Noby|Noby]] 12:32, 6 March 2010 (UTC)

Events:Slicer-Tokyo-WS-rehersal

2010-03-13T14:51:09Z

Hong: /* リハーサル完了者はその旨記載してください */

=リハーサル完了者はその旨記載してください=

*鄭　常賢
*鈴木孝司終わりました．ワークショップ指定のバージョンを使用しています．
**Windows XP SP3 Pentium4 3.4GHz，メモリ3GB かなり操作が重くなりましたが，どうにかOK
**Windows XP SP3 Core2Duo 2.53GHz、メモリ3GB ↑より全然サクサク
**Mac OS X 10.5.6 2x2.8GHz Quad Core Intel Xeon，メモリ8GB 比較的サクサク
**当日このmacをサブプロジェクタに繋いで，講師用に使おうと思っています．
*徳田淳一
*ヘルランバン　ニコラス
*林雄一郎
*山田篤史　Japanese_ImageGuidedTherapyPlanningPart2.pptのアノテーションの計画前まで動作確認終了（出張中ですのでまだここまでです．すいません）．
**Mac OS X 10.6.2, Core2Duo 2.53GHz, メモリ4GB（MacBook Pro 13inch）．
**拡散強調画像やテンソルの作成，AnatomicalMRIRegisteredDTI.mrmlの読み込み（Japanese_ImageGuidedTherapyPlanningPart2.pptの35ページ直前の読み込み処理）で多少時間がかかります．
**動作に関しては特に問題ありません．
**Windows7, XPでの動作チェックは今晩（日本時間13日夜）おこなう予定です．→Windows7 ProでJapanese_ImageGuidedTherapyPlanningPart2.pptのアノテーションの計画前まで動作確認終了しました．特に問題ありませんでした．環境はWindows7 Pro (32bit) on Parallels5, Core2Duo 2.53GHz シングルコア割当て，2GBメモリ割当てです．Parallels 5で起動するときには，起動前にConfigurationのVideoの項目で，Enable 3D accelerationにチェックを入れ，Enable vertical synchronizationのチェックを外さないと，Slicer3が起動しない，3D Viewが表示されないといった不具合がありました．--[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 22:32, 13 March 2010
*波多伸彦　おわりました。MAC OS 10.6.2問題なし。
*洪在成　終了しました。大きな問題はありません。コメントは下記に。Vista, 4G

= Japanese_Slicer3Course_DataLoadingAndVisualization.ppt =

*95,96ページ:順番が逆だとおもいます．
*108ページ：監修が監守になっているのとPlanningのスペルミス．その他のファイルでも同様のようです．

= Japanese_ImageGuidedTherapyPlanningPart1.ppt =
== アフィン変換まで ==
*途中でソフトウェアが落ちたり，何らかの理由でつまづいたとき，最初に戻るしかないんですよね？([[User:Takashisuzuki|Takashisuzuki]] 11:21, 6 March 2010 (UTC))
**「シーン」の保存をしょっちゅうやるといいです。--[[User:Noby|Noby]] 12:28, 6 March 2010 (UTC)
*10ページ：頭部画像では右と左が感覚的に逆になることを非臨床系のユーザのために一言書いておいた方がベターかもしれません．
*10ページ：損傷→病変
(clinical_backgroundの中で「頭部外傷によるMRI撮像で腫瘍が発見された」とあるので
損傷は誤解を招くと思われます．)
*10ページ：神経膠腫になると予測→神経膠腫であると推測
(clinical_backgroundにあるring enhanceはグリオーマと診断するポイントだそうです．)
*11ページ：左前頭骨→左前頭部
*28ページ：patient dataset/language_fMRI/Analyze →patient dataset/language_fMRI/Raw/Analyze
*33ページ：「アフィン変換は回転,平行移動,スケール,固定された画像にもう一方の画像を位置あわせするために必要なせん断を推定」→「アフィン変換は固定された画像にもう一方の画像を位置あわせするために必要な回転,平行移動,スケール,せん断を推定」
== セグメンテーション ==
*３．腫瘍の３Dモデルを作成Simple region growingで問題がありました．資料に沿って１データの読み込み，２位置あわせ，と順番に行うと，セグメンテーション結果が得られません．一方，Slicerを再起動して，SPGRのデータだけ読み込み，セグメンテーションを行うと結果が得られます．計算機はWindows XP SP3　32bit，SlicerはSlicer3-3.4-2009-05-21-win32.exeを使用しています．このような現象は皆様のところでも確認されているでしょうか．
**Mac OS X 10.6.2 MacBookPro 13inch 4GBでは問題ありませんでした．--[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 3:58, 9 March 2010
**同じくMacでは問題ありませんでしたが、スムージング（前処理）でCPUパワーが１００パーセントいきました。--[[User:Noby|Noby]] 04:23, 10 March 2010 (UTC)
**windows版で実施しました．セグメンテーションはできましたが，simple region growingの段階でピンクや紫を指定して実行しても，その後のmodel makerを実行すると作成されるモデルが黒になります．Modelsモジュールを開いてTumorの色を黒から他の色に指定するとちゃんと表示されます．-[[User:Takashisuzuki|Takashisuzuki]] 12:06, 10 March 2010 (UTC)
**Windows7で実施しました．鈴木先生同様に，セグメンテーションはできましたが，simple region growingの段階でピンクや紫を指定して実行しても，その後のmodel makerを実行すると作成されるモデルが黒になります．Modelsモジュールを開いてTumorの色を黒から他の色に指定するとちゃんと表示されます．OS X 10.6.2で実行したときも同様でした．環境はWindows7 Pro (32bit) on Parallels5, Core2Duo 2.53GHz シングルコア割当て，2GBメモリ割当てです．--[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 21:17, 13 March 2010
**'''重要、重要、重要、要チェック、全員確認されたし。'''--[[User:Noby|Noby]] 12:34, 6 March 2010 (UTC)
*p 40. All moduleから探すよりは、registration ->affine registration順に探したほうが簡単。
*p 65 Multiplierの設定について説明がない、default2.5のままでも動くが、5程度にしたほうがモデルの出来が良いみたい。
*p 75, Model -> Backface Culling をdefaultのonのままにすると、opacity１の時にモデル表示に違和感がある。offにしたほうが、むしろ自然な表示ができる。

== アトラス ==

= Japanese_ImageGuidedTherapyPlanningPart2.ppt =
(チュートリアル内でどこまで親切に記述すべきかわかりませんが，とりあえず情報の追加をしておきます．--[[User:Takashisuzuki|Takashisuzuki]] 02:32, 11 March 2010 (UTC))
== DTI ==
*6ページ：Part1の最初に行ったanatomical-MRIの読み込みを行う．
*13ページ：Part1からの引き続きの内容なので，このファイルでは不要．
*拡散強調画像の読み込みの部分を試しているのですが，データを読み込んだ後，Volumeモジュールを開き，ActiveVolumeを読み込んだDTIのデータにするとエラーが発生して落ちます．もしかしたらメモリ不足（PCのメモリは2GB）かと思いますが，皆さんはどうでしょうか．
**Mac OS X 10.6.2 MacBookPro 13inch 4GBでは問題ありませんでした．--[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 4:00, 9 March 2010
**windows版で実行しています．データを読み込んだときに，「Completed with errors」となります．一度終了してDTIの読み込みからスタートすると正常に処理が終わるのでメモリがくるしいのかも？--[[User:Takashisuzuki|Takashisuzuki]] 12:39, 10 March 2010 (UTC)
**正常に終了したときにレイヤーにDiffusion Tensor Estimationの結果の一つ(メモ忘れ)が水色で表示されるので，ちょっと驚きます．--[[User:Takashisuzuki|Takashisuzuki]] 09:03, 11 March 2010 (UTC)
**同様に，19ページを実行すると表面が水色で表示されます．環境はMac OS X 10.6.2 MacBookPro 13inch 4GB，binary 2009-05-21です．--[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 11:52, 13 March 2010
**Windows7 Proで問題ありませんでした．ただし同様に，19ページを実行すると表面が水色で表示されます．環境はWindows7 Pro (32bit) on Parallels 5, Core2Duo 2.53GHz シングルコア割当て，2GBメモリ割当てです．--[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 22:24, 13 March 2010
**'''重要、重要、重要、要チェック、全員確認されたし。'''--[[User:Noby|Noby]] 12:34, 6 March 2010 (UTC)
*114ページ：Volumesモジュールのペインで設定をすると，資料によればテンソルが表示されるみたいですが，チェックボックスにチェックを入れてもテンソルが表示されませんでした．また，それ以降（116，117ページ）でも同様に画像に何も変化がありませんでした．このような現象は皆様のところでも生じますでしょうか．　環境はMac OS X 10.6.2 MacBookPro 13inch 4GB，binary 2009-05-21です．--[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 4:05, 9 March 2010
**チュートリアルPart2に習ってDWI→DTI→トラクトグラフィーまでうまく行きました．--[[User:Takashisuzuki|Takashisuzuki]] 09:06, 11 March 2010 (UTC)
**チュートリアルPart2に習って，Active VolumeをDiffusion Tensor Estimation Volumeに設定することで，DWI→DTI→トラクトグラフィの順番でうまく動きました．環境はMac OS X 10.6.2 MacBookPro 13inch 4GB，binary 2009-05-21です．--[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 11:48, 13 March 2010
**チュートリアルPart2に習って，Active VolumeをDiffusion Tensor Estimation Volumeに設定することで，DWI→DTI→トラクトグラフィの順番でうまく動きました．環境はWindows7 Pro (32bit) on Parallels 5, Core2Duo 2.53GHz シングルコア割当て，2GBメモリ割当てです．--[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 22:26, 13 March 2010
**チュートリアルPart2，24ページの「Glyph TypeをEllipsoidsに設定」を実行すると，Spacingが4くらいで滅茶苦茶重くなります．環境はMac OS X 10.6.2 MacBookPro 13inch 4GB，binary 2009-05-21です．--[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 11:48, 13 March 2010
*チュートリアルPart2，35ページを確認するためには，旧チュートリアル127, 128ページが必要だと思いますが，この2ページ分が抜け落ちているということでいいでしょうか．確認をお願いします．環境はMac OS X 10.6.2 MacBookPro 13inch 4GB，binary 2009-05-21です．--[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 12:16, 13 March 2010

== 術前計画 (アノテーション) ==

= 全体について =
*windows版の最新版Slicer3-3.4.2-2010-01-06-win32.exeをインストール後，起動すると「Slicer Starting up...」というウィンドウが表示されたところでソフトが落ちます．Windows XP Pro SP3およびWindows 7で同じ状況です．そのためSlicer3-3.4.1-2009-10-15-win32.exe を使用しています．winユーザの皆様はいかがでしょうか？
**ワークショップのメインページで指定されたバージョンをつかってみてください。このページの親ページにあります。--[[User:Noby|Noby]] 12:31, 6 March 2010 (UTC)
**ワークショップ指定のバージョンは起動しました．WIndows7 Pro on virtual machine(Parallels 5, 2GB割当て), MacBook Pro 13inch --[[User:ayamada|Atsushi Yamada]] 6:12, 12, March 2010

= その他スタッフ向け情報 =
*会場は2・3・3・2人がけの机が10列並んでいます．空席なく座れば100名座れます．
**1,2,2,1人で座ると部屋に何人すわれますか？--[[User:Noby|Noby]] 12:44, 6 March 2010 (UTC)
***(1+2+2+1)×10列で60人です．--[[User:Takashisuzuki|Takashisuzuki]] 12:40, 7 March 2010 (UTC)
***'''決定 (2+2+2+2)を机をずらして、講師が通れるスペースを作って座ってもらう。後ろ、１、２列は講師の席'''

*正面にチュートリアル資料，右の壁にサブプロジェクタとして操作している画面を表示する想定です．
*講師が補助をしていないときに座る机を部屋全体にちらして作ったほうがいいです。（波多）
*講師の人が助けてあげるときに、机と机の幅がせまくて、受講者に近づきにくい気がします。（波多）
*AZEさんから名札用のストラップ100個持ってきて頂けることになりました．
*ワイヤレスアクセスポイントのキャパシティーが気になります（波多）
**取扱説明書で確認します．早稲田の学生さんは廊下を挟んで向かい側が居室なので，そこの電波を使ってもらいます．--[[User:Takashisuzuki|Takashisuzuki]] 12:40, 7 March 2010 (UTC)
*みなさんUSBメモリに、スライサーとデータをダウンロードして、もってきてください。準備ができていない人には、これを渡します。（波多）
*部屋の電源の全体容量はたりますか（波多）
**下記色分けしたゾーンで20Aずつだそうです．．--[[User:Takashisuzuki|Takashisuzuki]] 09:48, 8 March 2010 (UTC)
[[File:3DSlicer-room-twmu-jp.jpg|200px|thumb|left|Lecture room photo]]
[[File:lecture-room-layout-twmu-jp.jpg|200px|thumb|left|Lecture room layout plan]]
[[File:lecture-room-layout-twmu-jp-rev.jpg|200px|thumb|left|Lecture room layout plan (rev)]]
[[File:name-card-twmu-jp.jpg|200px|thumb|left|Name card for Tokyo WS]]

= 当日の作業 =
*朝8:30-9:00まで入り口で待機する係．
*記帳をしてもらう係(講習会は問題なさそうだが，講演会にたくさん来た場合の対応．)．
*講習会に遅れてきた人を確認して，名札を渡す係．
*写真撮影(集合写真，講習会風景，講演風景)をする係．
*特別講演のビデオ撮影係．(女子医大G-COEの関係でビデオ撮影が必要です．→波多先生，せっかくなので10分ごとの細切れにしてyoutubeにアップするとかいかがですか？)
*コーヒーブレイクの準備をする係．人数が多いのでポットとホットコーヒーで対応は無理．タリーズのケータリングは高くつく．館内の自販機・生協で個別に買ってもらう？
**それでいい--[[User:Noby|Noby]] 20:37, 11 March 2010 (UTC)
*お弁当配布係←適当に手分けでOK．
*部屋の片付け係(早稲田シグナス班，植松さん，坂本くん，市橋くんに依頼する)
*懇親会の飲み物受け取り(近所の酒屋から冷えた状態でデリバリー)←女子医大スタッフで対応します(お弁当1個で釣ります)

*懇親会の飲み物（波多が言い出しっぺなので、波多が個人的におかねだします。みんなどうもありがとう）--[[User:Noby|Noby]] 20:37, 11 March 2010 (UTC)

= お願い =
*東京近郊から参加される先生へ
**上記のように部屋にはそれなりにコンセントがあるのですが，電源タップが15個くらいは必要です．
**可能なだけ持ってきて下さい．持ってきて頂ける個数を書き出してもらえると見込みがつくので助かります．
***女子医大は現状で9個確保です．
***AZEさんから5個持ってきて頂くことになりました．
***あとどなたか2,3個ご持参頂けると助かります．
*当日は開始１時間前に集合しましょう。--[[User:Noby|Noby]] 12:32, 6 March 2010 (UTC)

Slicer3:VisualBlog

2008-01-09T14:54:59Z

Hong:

__NOTOC__

<gallery caption="2007" widths="200px" perrow="4">
Image:ENT.png|'''Image from Jaesung Hong December 2007''' Visualization of cochlea(green) and facial nerve(red) for ENT navigation. We are moving on from Slicer2 to Slicer3 at Kyushu University Hospital in Japan.
Image:Slicer-igstk.png|'''Image from Steve Pieper, Luis Ibanez, Haiying Liu December 2007''' Result of [[2007_December_Slicer_IGT_Programming | Slicer for IGT workshop]] showing Slicer3 transform node being updated by a [http://www.igstk.org IGSTK] tracker process.
Image:VolumeRenderScene.png|'''Image from Steve Pieper, Andy Freudling December 2007''' More volume rendering examples. New Threshold tool makes it easy to visualize surfaces.
Image:Canine-heart1.png|'''Image from Steve Pieper, December 2007''' Display of segmented heart data results using volume rendering inside Slicer3. See [https://caportal.cis.jhu.edu/ JHU Computational Anatomy Portal]] for more information.
Image:Arcuatetractvolume2.png|'''Image from Tri Ngo and Steve Pieper, November 2007''' Display of Stochastic Tractography results using volume rendering inside Slicer3. See [[Algorithm:MIT:DTI_StochasticTractography|'''here''']] for more information.
Image:VolumeRenderingBoneDetection.png|'''Image from Andy Freudling on October 2007''' First results of volume rendering inside Slicer3. See [[Slicer3:Volume_Rendering|'''here''']] for more information.
Image:sirp1.png|'''Image from wjp on Wednesday, October 24, 2007''' QueryAtlas visualizing combined morphology and functional analyses generated by running FreeSurfer and a FIPS pipeline on a BIRN phaseII SIRP dataset. Interactive annotations (on mouse-over) are being translated thru Slicer's controlled vocabulary.
Image:SlicerReformat.png|'''Image from Jim on Saturday, September 15, 2007''' Slice viewers can be used to specify oblique reformats using the 'Reformat' orientation (instead of axial, coronal, sagittal) and CTRL-Right-Button-Move (subject to change).
Image:Livers.png|'''Image from Dirk, Matthew, Jim, and Steve on Monday, August 13, 2007''' A new label map smoothing tool has been added to help with our [[NA-MIC_Collaborations#Children.27s_Pediatric_Cardiology_Collaboration_with_SCI.2FSPL.2FNortheastern | collaboration with Children's Hospital Boston, SCI at University of Utah and Northeastern University]]. The unfiltered labelmap is shown in blue, and the filtered results are shown in peach.
Image:Editbox.png|'''Image from Steve and Wendy on Monday, August 6, 2007''' New Editor functionality, with EditBox which is invoked using the F1 key (will soon be moved to the space bar).
Image:EMSegment31Structures.png|'''Image from Brad and Kilian on Wednesday, June, 21, 2007''' Example of [[Projects/Structural/2007_Project_Week_EMSegmentation_Validation | EMSegmenter in Slicer3]]
Image:ConnectivityMap.png|'''Image from pieper on Friday, June, 9, 2007''' Slicer3 Module for [[Algorithm:MIT:DTI_StochasticTractography | Stochastic Tractography]] from MIT (Ngo, Golland) and BWH (Westin, Kubicki).
Image:kwmeshvisu-slicer-logo.png|'''Image from ipek on Wednesday, June, 6, 2007''' UNC Logo in Slicer3 for KWMeshVisu (Ipek Oguz, Martin Styner).
Image:CineDisplayDesigns.png|'''Image from wjp on Wednesday, May, 30, 2007''' Design mockups for Slicer3's Cine Display interface (William Leue, Wendy Plesniak).
Image:Atlas-2007-05-16.png|'''Image from pieper on Tuesday, May, 30, 2007''' The SPL-PNL brain atlas loaded in Slicer3. Demonstrates model hierarchy and clipping.
Image:EMSegmentation_Results_Screenshot.png|'''Image from davisb on Monday, April, 27, 2007''' EMSegment screenshot---segmentation results and work-flow GUI
Image:Mimx.png|'''Image from magnotta on Monday, April, 16, 2007''' Mimx Logo in Slicer3 for VoxelMeshingModule
Image:PythonMenu.png |'''Image from blezek on Tuesday, April, 10, 2007 at 8:00AM''' Python incorporated into [[Slicer3:Python | Slicer]]. [[Slicer3:VisualBlog_Extension#Image from blezek on Tuesday, April, 10, 2007 at 8:00AM | More ...]]
Image:ZoomWindow.png|'''Image from wjp on Thursday, March 22, 2007 at 10:00AM''' New GUI elements: Shows a magnified view in the GUI panel of an area around the mouse in any Slice Window.
Image:NavigationWindow.png|'''Image from wjp on Thursday, March 22, 2007 at 10:00AM''' New GUI elements: Shows birds-eye-view of the scene relative to the outline of the 3D Viewer's window in the 'Manipulate 3D View' GUI panel.
Image:Slicer3FirstTractography.png|'''Image from pieper on Tuesday, January 16, 2007 at 7:58PM''' From Lauren, shows fiber tracts loaded from a file and with display properties controlled by the GUI.
</gallery>
<gallery caption="2006" widths="200px" perrow="4">
Image:S3GUI-12-29-06.png|'''Image from wjp on Friday, December 29, 2006 at 3:23PM''' Module choose and navigation functionality integrated into the application toolbar to create more space for module GUIs on the side panel. Slice Controller widgets also updated to have more functionality available, a button to link and unlink their control, and an improved visual design.
Image:S3GUIWithLogo.png|'''Image from wjp on Monday, November 28, 2006 at 6:40M''' New 3D Slicer logo integrated with slicer GUI.
Image:QueryAtlas-fBIRN-Slicer3-2006-10-23.png|'''Image from pieper on Thursday, October 26, 2006 at 1:54M''' FreeSurfer structural data (cortical and subcortical segmentation) with fBIRN functional overlay, shown as part of Slicer3-based BIRN Query Atlas project.
Image:Clipping.png|'''Image from pieper on Thursday, October 05, 2006 at 1:08PM''' Clipping with the slice plane is now supported, along with thresholded image display.
Image:FreeSurfer-Curvature-2006-09-08.png|'''Image from naucoin on Friday, September 08, 2006 at 12:14pm''' The FreeSurfer colour lookup table has been added to the Slicer3 FreeSurfer Library. A curvature overlay file was loaded and displayed on bert/surf/lh.pial as loaded in via the Models module.
Image:FreeSurfer-Annotation-2006-09-08-B.png|'''Image from naucoin on Friday, September 08, 2006 at 11:24am''' The FreeSurfer scalar reader has been integrated as a Slicer 3 Library, and surfaces can be read via the Models module. Shot shows standard bert/surf/lh.pial plus a test script to load the annotation labels file.
Image:Editor-module-prototype.png|'''Image from pieper on Tuesday, August 08, 2006 at 4:26PM''' A number of things have come together to allow the new prototype editor module. [[Slicer3:VisualBlog_Extension#Image from pieper on Tuesday, August 08, 2006 at 4:26PM | More ...]]
Image:Oblique-slice-test.png|'''Image from pieper on Friday, July 28, 2006 at 9:04AM''' Test of making a non-orthogonal slice plane. This was created by manually setting the SliceToRAS matrix in the vtkMRMLSliceNode. GUI is not yet hooked up for oblique slices.
Image:Single-pixel.png|'''Image from pieper on Thursday, July 27, 2006 at 5:21PM''' Shows that a single pixel voxel in black is exactly bounded by a unit cube in RAS space. Also the blinking eye buttons for slice visiblility are hooked up and there is now a red-yellow-green color coding for the slice windows (carried over from slicer2).
Image:Textured-slice-planes.png|'''Image from pieper on Thursday, July 13, 2006 at 4:49PM''' Test of interactive slice textured plane control. Not yet eneabled through GUI, but driven by a [http://www.na-mic.org:8000/websvn/filedetails.php?repname=Slicer3&path=%2Ftrunk%2FBase%2FGUI%2FTesting%2FTestSliceModels.tcl&rev=0&sc=1 test script] that you can source into the console. [[Slicer3:VisualBlog_Extension#Image from pieper on Thursday, July 13, 2006 at 4:49PM | More ...]]
Image:Slicer3-lung.png|'''Image from pieper on Tuesday, July 11, 2006 at 3:39PM''' Example model read from vtk file and loaded in slicer3
Image:Logo-widget.png|'''Image from pieper on Monday, July 03, 2006 at 3:35PM''' Test of the new logo widget for adding module-specific watermark logos directly in the 3d view. Uses a vtkLogoWidget from VTK cvs head. Kitware is working on cmake support to notify developers when a VTK cvs update is needed. Once that is done, the logo code will be added to slicer3 svn.
Image:Slicer3-pan-zoom-anno-2006-06-26.png|'''Image from pieper on Monday, June 26, 2006 at 10:38AM''' New annotations and key bindings. Middle mouse to pan, right mouse to zoom.
Image:Slicer3_command-line-median-filter-2006-06-21.png|'''Image by pieper on Wednesday, June 21, 2006 at 1:01PM''' results of the command line median filter module
Image:SlicerScreenShot7.png|'''Image by millerjv on Tuesday, June 20, 2006 at 4:37PM''' {First command line module to export data, execute, and import data back into Slicer}
Image:SlicerScreenShot5.png|'''Image by millerjv on Friday, June 16, 2006 at 11:15AM''' {Command line module with an enumerated parameter as a radio button}
Image:Slicer3ApplicationSettings.png|'''Image by millerjv on Wednesday, June 14, 2006 at 10:20AM''' {Slicer applications settings panel showing the module search path}
Image:SlicerScreenShot2.png|'''Image from pieper on Tuesday, June 13, 2006 at 8:23PM''' Another command line module example from Jim
Image:SlicerScreenShot1.png|'''Image from pieper on Tuesday, June 13, 2006 at 8:20PM''' Example from Jim Miller showing the automatic GUI generation from XML collected from execution module commands
Image:Slicer-sample-2006-06-13.png|'''Image from pieper on Tuesday, June 13, 2006 at 8:18PM''' Example screen shot showing that there is a basic interface in place.
</gallery>
 

== About the VisualBlog ==

The VisualBlog is meant to be an easy place to upload screenshot so that both developers and outside observes can track the progress of the project.

Many thanks to developers and users for contributing their images here.

File:ENT.png

2008-01-09T14:47:58Z

Hong: ENT surgery (Cochlea and Facial Nerve)

ENT surgery (Cochlea and Facial Nerve)