Difference between revisions of "Events:Slicer-Hands-On-Hiroshima-2011"

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=Image Guided Therapy Research using Open Source Free Software - 3D Slicer hands-on workshop=
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'''at Hiroshima University, on April 27, 2011.'''
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The objective of this workshop is to learn the usage of 3D Slicer specifically in the context of Image guided neurosurgery research. Participants will bring their own laptop, install 3D Slicer, and experience fMRI, DTI tractography, and image segmentation and registration using real clinical data. The lectured will be given by local Japanese expert in 3D Slicer using Japanese version of the tutorial slides. The workshop is followed by live demonstration by a IGT researcher from Brigham and Women's Hospital modifying 3D Slicer to tailor his need. A plenary talk by Dr. Kikinis is scheduled in the mid-point of this one day workshop.
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=はじめに=
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| style="background: #ebeced" colspan="2" align="center"| <b>Slicer Hands On Tutorial, April 27, 2011, Hiroshima University</b>
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| style="background: #ebeced" colspan="2" align="center"| <b>The course in full swing</b>
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*オープンソースソフトウェア[http://www.slicer.org/ 3D Slicer]画像誘導手術向けチュートリアル
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このコースは、オープンソースソフトウェア[http://www.slicer.org/ 3D Slicer]を活用して画像誘導手術シミュレーション、ナビゲーション、医用画像処理について体験講義を行うことを目的としています。通常の講義とは異なり、実際に自分のパソコンにソフトウェアをダウンロードして、臨床で用いられている画像データを使いながら、直接「手」で先端研究を感じてもらうことがコースの目的です。コースで使用するソフトウェアは無償でプログラムソースコードが公開されており、コース終了後はこのソフトウェアを中心に研究を展開することができます。この展開方法についてもコース内で触れます。ハンズオンセミナーの質をあげるため、受講者の人数を制限し受講者に対する講師陣の人数を限りなく多くするようにとりはからっています。
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=日時・場所=
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*日時：2011年4月27日（水曜日）午前9時から午後4時まで
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*場所：広島大学 霞キャンパス [http://www.koujin-med.jp/ 広仁会館] 中会議室 [http://www.koujin-med.jp/contents/application.html#map01 交通アクセス] [http://www.hiroshima-u.ac.jp/add_html/access/ja/kasumi.html キャンパスマップ]
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　（自動車でお越しになる場合、駐車料が400円必要です。）
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=主催=
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*[http://www.na-mic.org 米国医用画像解析連合  National Alliance for Medical Image Computing]
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*[http://www.ncigt.org 米国画像誘導手術センター National Center for Image Guided Therapy]
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*[http://www.hiroshima-u.ac.jp/index-j.html 広島大学]
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=協賛=
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*'''[http://www.aze.co.jp 株式会社Aze]'''　（講師旅費、会場設定、昼食、提供）
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=講師=
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*Ron Kikinis (ハーバード大学医学部教授）
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*波多伸彦（ハーバード大学医学部准教授）
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*檜垣徹（広島大学特任助教）
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=講義シラバス=
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==午前の部==
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*  9:00 am - 9:10 am 開会、講師紹介
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*  9:10 am - 9:30 am 環境確認
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**[http://www.slicer.org/ 3D Slicer]インストール確認
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**受講のルール（途中でつまずいた際に積極的に講師のヘルプを求める事、受講内容が自分の研究ではどう活用できるかメモ書きする事）
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**ネットワークアクセス（方法の提示のみ）
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* 9:30 am - 10:30 am [[Media:Japanese_ImageGuidedTherapyPlanningPart1.ppt | 脳神経外科手術プランニング ]]檜垣（日本語版スライド p.1-p.52）
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**MRIデータの読み込み
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**fMRIデータの読み込み
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*10:30 am - 10:45 am コーヒーブレーク（提供：AZE）
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* 10:45 am - 12:15 pm [[media:WhiteMatterExplorationNeurosurgicalPlanning_JHU2011_SoniaPujol.pdf | 脳神経外科手術プランニング ]]波多（２０１１年春版、英語）
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**腫瘍のセグメンテーション
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**トラクトグラフィー
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* 12:15 -1:00 pm 昼食（提供：AZE）
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==特別講演==
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*1:00 - 2:00 pm '''特別講演 "3D Slicer"'''
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**演者　ハーバード大学医学部ブリガムアンドウィメンズ病院　[http://www.spl.harvard.edu/~kikinis Ron Kikinis]
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**英文抄録は[http://www.na-mic.org/Wiki/index.php/Events:Slicer-Hands-On-Tokyo-2010:Kikinis-talk こちら]
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**Kikinis先生の和文経歴は[http://www.na-mic.org/Wiki/index.php/Events:Slicer-Hands-On-Tokyo-2010:Kikinis-bio こちら]
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==午後の部==
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*2:00 - 2:30 pm バッファ＆コーヒーブレーク（提供：AZE）
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*2:30 - 3:30 pm [http://www.na-mic.org/Wiki/index.php/OpenIGTLink OpenIGT Link]を用いた外部センサ・アプリケーションとの連携 （波多）
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**Demo of the [http://www.na-mic.org/Wiki/index.php/OpenIGTLink OpenIGT Link] simulator.
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**How to connect your tracker to [http://www.slicer.org/ 3D Slicer]
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**[http://www.slicer.org/slicerWiki/images/b/bc/OpenIGTLinkTutorial_Slicer3.6.2_JunichiTokuda_Dec2010.ppt OpenIGTLink Tutorial slides (ppt)].
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**[http://wiki.slicer.org/slicerWiki/index.php/Modules:OpenIGTLinkIF-3.6-Simulators Link to the OpenIGTLink Data simulator].
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*3:30 - 4:00 pm 質疑応答
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*（オプション） [[Media:Slicer3 Introduction IBMISPS2009 SoniaPujol.pdf |  NIH研究におけるSlicer3の位置づけ]]
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=会場設備=
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*無線LANによるインターネット接続（お使いのPCで無線LANが利用不可な場合は事前にご連絡ください）
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*AC100V電源
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[[File:Kousin_mdl.jpeg]]
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=参加申込 (Closed)=
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*参加費無料
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*<strike>参加希望者は檜垣（ higa [at] bwh.harvard.edu ）まで名前、所属、使用パソコン（OS、メモリ容量）をお送りください。</strike>
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*締切り：4/22(金)
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*定員：20名程度
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=参加までの準備=
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<span style="background-color: yellow"> 本ワークショップでは講演と併せて、受講者が自分のノートPCを使用するハンズオンセッションが行われます
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'''すべての受講者は参加当日までにご自身のノートPCにソフトウェアのインストールおよびデータセットのダウンロードを行い、ワークショップ当日に持参してください'''
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*推奨環境
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**メインメモリ4GB（最小1GB）
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**ビデオメモリ512MB（最小64MB）
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*作業1/2 [http://www.slicer.org/ 3D Slicer]のダウンロードとインストール
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**Software installation: Please install the Slicer3.6.3 release version appropriate to the laptop computer you'll be bringing to the workshop
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** Windows: [http://www.na-mic.org/Slicer/Download/Release/win32/Slicer3-3.6.3-2011-03-04-win32.exe Slicer3-3.6.3-2011-03-04-win32.exe]
 +
** Linux 64: [http://www.na-mic.org/Slicer/Download/Release/linux-x86_64/Slicer3-3.6.3-2011-03-04-linux-x86_64.tar.gz Slicer3-3.6.3-2011-03-04-linux-x86_64.tar.gz]
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** Linux 32: [http://www.na-mic.org/Slicer/Download/Release/linux-x86/Slicer3-3.6.3-2011-03-04-linux-x86.tar.gz Slicer3-3.6.3-2011-03-04-linux-x86.tar.gz ]
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** Mac Darwin: [http://www.na-mic.org/Slicer/Download/Release/darwin-x86/Slicer3-3.6.3-2011-03-04-darwin-x86.tar.gz Slicer3-3.6.3-2011-03-04-darwin-x86.tar.gz ]
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*作業2/2 データセットのダウンロード
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**[[media:Slicer3VisualizationDataset.zip | 3D Visualization dataset]]
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**[http://www.na-mic.org/Wiki/index.php/File:NeurosurgicalPlanningTutorialData.zip NeurosurgicalPlanningTutorialData].
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**[[media:DiffusionDataset.zip| Diffusion dataset]]
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**[[media:WhiteMatterExplorationData.zip‎| White Matter Exploration dataset]]
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=参加者リスト=
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01：池元学，メディオ・テック株式会社，MacOS 10.6.6
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02：経澤昌克，メディオ・テック株式会社，MacOS 10.6.6
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03：栗原智之，加須市医療診断センター，Windows 7
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04：平野靖，山口大学，Windows 7
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05：徐睿，山口大学大学院・医学系研究科，Windows 7，4GB
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06：木戸尚治，山口大学大学院・医学系研究科，Windows 7，4GB
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07：柴田卓也，広島大学大学院・工学研究科，MacOS 10.6，4GB
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08：Hamrouche Chouaib，広島大学大学院・工学研究科，Windows 7，2GB
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09：小橋昌司，兵庫県立大学大学院・工学研究科，Windows 7，4GB
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10：赤澤礼子，株式会社島津製作所，Windows 7，4GB
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 +
11：青山正人，広島市立大学大学院・情報科学研究科，Windows 7 64bit，6GB
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 +
12：健山智子，立命館大学・情報理工学部，MacOS10.5，4GB
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 +
13：韓先花， 立命館大学・情報理工学部，Windows 7，4GB
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 +
14：吉永崇，九州先端科学技術研究所，Windows 7，4GB
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15：高須深雪，広島大学放射線診断科，Windows 7，4GB
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 +
16：長谷川恭子，立命館大学・情報理工学部（特別研究員），MacOS 10.6, 8GB
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17：小嶋沙織，立命館大学・情報理工学部（博士前期課程），MacOS 10.6, 4GB
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18：チョビョンヒョン， 九州大学病院・先端医工学診療部，Windows7，4GB
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19：井上大輔，九州大学大学院・医学研究院脳神経外科，MacOS 10.6，4GB
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20：
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=その他の情報=
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*[http://www.slicer.org/ 3D Slicer公式サイト]
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*[http://www.slicer.org/slicerWiki/ 3D Slicer Wiki]
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==Slicer日本語チュートリアル==
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以下のチュートリアルは、立命館大学情報理工学部　陳研究室の木西基（もとい）さんの協力を得て、翻訳作成されました。木西さんは立命館大学短期研修プログラムでSurgical Planning Laboratoryに滞在され、このスライドの作成に協力くださいました。
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*[[media:Japanese_Slicer3Minute.ppt | 3D Slicerの基礎(PPT)]]チュートリアルにて使用します
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*[[media:Japanese_Slicer3Course_DataLoadingAndVisualization.ppt  | データの読み込みと表示(PPT)]]チュートリアルにて使用します
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*[[media:Japanese_ImageGuidedTherapyPlanningPart1.ppt  | 画像誘導手術プランニング(その1)(PPT)]]チュートリアルにて使用します
 +
*[[media:Japanese_ImageGuidedTherapyPlanningPart2.ppt  | 画像誘導手術プランニング(その2)(PPT)]]チュートリアルにて使用します
 +
*[[media:Japanese_Na-MIC-Slicer-Registration.ppt  | 自動画像統合(PPT)]]
 +
*[[media:Japanese_Manual_Segmentation_with_3DSlicer-mj.ppt  | 手動セグメンテーション(PPT)]]
 +
*[[media:Japanese_DiffusionMRITutoria.ppt  | MRI拡散強調画像とトラクトグラフィー(PPT)]]
 +
*[[media:Japanese_Brain_Atlas_Tutorial08.ppt  | 脳アトラス(PPT)]]
 +
*[[media:Japanese_AutomaticSegmentationl.ppt  | 自動セグメンテーション(PPT)]]
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*[[media:Japanese_Abdominal_Atlas_Tutorial08.ppt  | 腹部アトラス(PPT)]]
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==Slicer Community==
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Participants are invited to join the [http://www.slicer.org/pages/Mailinglist Slicer user and Slicer developer community]  prior to the workshop, for questions and feature requests related to the software.
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==過去の国際セミナー==
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*[http://www.na-mic.org/Wiki/index.php/Events:_Johns_Hopkins_University_Seminar_April_2011 ２０１１ボルチモアセミナー]
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*[http://wiki.na-mic.org/Wiki/index.php/Events:Slicer-Hands-On-Tokyo-2010 ２０１０東京セミナー]
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*[http://wiki.na-mic.org/Wiki/index.php/2008_June_Workshop_Germany ２００８年ミュンヘンセミナー]
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*[http://wiki.na-mic.org/Wiki/index.php/Robarts_Training_Session ２００８年トロントセミナー]
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Back to [http://www.na-mic.org/Wiki/index.php/Events NA-MIC Events]

Latest revision as of 14:51, 3 May 2011

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Image Guided Therapy Research using Open Source Free Software - 3D Slicer hands-on workshop

at Hiroshima University, on April 27, 2011. The objective of this workshop is to learn the usage of 3D Slicer specifically in the context of Image guided neurosurgery research. Participants will bring their own laptop, install 3D Slicer, and experience fMRI, DTI tractography, and image segmentation and registration using real clinical data. The lectured will be given by local Japanese expert in 3D Slicer using Japanese version of the tutorial slides. The workshop is followed by live demonstration by a IGT researcher from Brigham and Women's Hospital modifying 3D Slicer to tailor his need. A plenary talk by Dr. Kikinis is scheduled in the mid-point of this one day workshop.

はじめに

Slicer Hands On Tutorial, April 27, 2011, Hiroshima University DTI-Japanese.png
The course in full swing Hiroshima-training-2001-04.jpg



  • オープンソースソフトウェア3D Slicer画像誘導手術向けチュートリアル

このコースは、オープンソースソフトウェア3D Slicerを活用して画像誘導手術シミュレーション、ナビゲーション、医用画像処理について体験講義を行うことを目的としています。通常の講義とは異なり、実際に自分のパソコンにソフトウェアをダウンロードして、臨床で用いられている画像データを使いながら、直接「手」で先端研究を感じてもらうことがコースの目的です。コースで使用するソフトウェアは無償でプログラムソースコードが公開されており、コース終了後はこのソフトウェアを中心に研究を展開することができます。この展開方法についてもコース内で触れます。ハンズオンセミナーの質をあげるため、受講者の人数を制限し受講者に対する講師陣の人数を限りなく多くするようにとりはからっています。

日時・場所

　（自動車でお越しになる場合、駐車料が400円必要です。）

主催

協賛

講師

  • Ron Kikinis (ハーバード大学医学部教授）
  • 波多伸彦（ハーバード大学医学部准教授）
  • 檜垣徹（広島大学特任助教）

講義シラバス

午前の部

  • 9:00 am - 9:10 am 開会、講師紹介
  • 9:10 am - 9:30 am 環境確認
    • 3D Slicerインストール確認
    • 受講のルール（途中でつまずいた際に積極的に講師のヘルプを求める事、受講内容が自分の研究ではどう活用できるかメモ書きする事）
    • ネットワークアクセス（方法の提示のみ）
  • 9:30 am - 10:30 am 脳神経外科手術プランニング 檜垣（日本語版スライド p.1-p.52）
    • MRIデータの読み込み
    • fMRIデータの読み込み
  • 10:30 am - 10:45 am コーヒーブレーク（提供：AZE）
  • 12:15 -1:00 pm 昼食（提供：AZE）

特別講演

  • 1:00 - 2:00 pm 特別講演 "3D Slicer"
    • 演者　ハーバード大学医学部ブリガムアンドウィメンズ病院　Ron Kikinis
    • 英文抄録はこちら
    • Kikinis先生の和文経歴はこちら

午後の部

会場設備

  • 無線LANによるインターネット接続（お使いのPCで無線LANが利用不可な場合は事前にご連絡ください）
  • AC100V電源

Kousin mdl.jpeg

参加申込 (Closed)

  • 参加費無料
  • 参加希望者は檜垣（ higa [at] bwh.harvard.edu ）まで名前、所属、使用パソコン（OS、メモリ容量）をお送りください。
  • 締切り：4/22(金)
  • 定員：20名程度

参加までの準備

本ワークショップでは講演と併せて、受講者が自分のノートPCを使用するハンズオンセッションが行われます

すべての受講者は参加当日までにご自身のノートPCにソフトウェアのインストールおよびデータセットのダウンロードを行い、ワークショップ当日に持参してください

  • 推奨環境
    • メインメモリ4GB（最小1GB）
    • ビデオメモリ512MB（最小64MB）

参加者リスト

01：池元学，メディオ・テック株式会社，MacOS 10.6.6

02：経澤昌克，メディオ・テック株式会社，MacOS 10.6.6

03：栗原智之，加須市医療診断センター，Windows 7

04：平野靖，山口大学，Windows 7

05：徐睿，山口大学大学院・医学系研究科，Windows 7，4GB

06：木戸尚治，山口大学大学院・医学系研究科，Windows 7，4GB

07：柴田卓也，広島大学大学院・工学研究科，MacOS 10.6，4GB

08：Hamrouche Chouaib，広島大学大学院・工学研究科，Windows 7，2GB

09：小橋昌司，兵庫県立大学大学院・工学研究科，Windows 7，4GB

10：赤澤礼子，株式会社島津製作所，Windows 7，4GB

11：青山正人，広島市立大学大学院・情報科学研究科，Windows 7 64bit，6GB

12：健山智子，立命館大学・情報理工学部，MacOS10.5，4GB

13：韓先花， 立命館大学・情報理工学部，Windows 7，4GB

14：吉永崇，九州先端科学技術研究所，Windows 7，4GB

15：高須深雪，広島大学放射線診断科，Windows 7，4GB

16：長谷川恭子，立命館大学・情報理工学部（特別研究員），MacOS 10.6, 8GB

17：小嶋沙織，立命館大学・情報理工学部（博士前期課程），MacOS 10.6, 4GB

18：チョビョンヒョン， 九州大学病院・先端医工学診療部，Windows7，4GB

19：井上大輔，九州大学大学院・医学研究院脳神経外科，MacOS 10.6，4GB

20：

その他の情報

Slicer日本語チュートリアル

以下のチュートリアルは、立命館大学情報理工学部　陳研究室の木西基（もとい）さんの協力を得て、翻訳作成されました。木西さんは立命館大学短期研修プログラムでSurgical Planning Laboratoryに滞在され、このスライドの作成に協力くださいました。

Slicer Community

Participants are invited to join the Slicer user and Slicer developer community prior to the workshop, for questions and feature requests related to the software.

過去の国際セミナー

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