Iwate 2013 Training

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Image-Guided Therapy Research using Open Source Free Software 3D Slicer

Ultrasound Workshop at Iwate Medical University, April 10-11, 2013

The objective of this workshop is to learn to use 3D Slicer in medical research. Participants will bring their own laptop, install 3D Slicer, and practice diffusion tensor imaging (DTI) tractography, and image segmentation using real clinical data. They will first be taught how to use the Grow Cut Segmentation and Label Statistics Slicer modules using ordinary clinical ultrasound images. Attendees will be given a lecture by an expert in 3D Slicer using a Japanese language version of the tutorial slides. The workshop will be followed by a demonstration by an IGT researcher from Brigham and Women's Hospital modifying 3D Slicer to tailor its use to clinical applications. Another demonstration by Dr. Kazunori Baba, a clinical expert on ultrasound scanning from Saitama Medical Center, will follow. A plenary talk by Dr. Ron Kikinis is scheduled midway through the workshop

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Agenda

• April 10, 2013 Mini workshop/3D ultrasound

Target audience: Physicians, Fellows, and Residents

• 4:00-4:15 PM Announcement (Akihiko Kikuchi/Nobuhiko Hata)
• 4:15-5:15 PM Special lecture General topics on medical image processing and open source software Abstract(Ron Kikinis/Nobuhiko Hata)
• 5:20-6:20 PM Special lecture 3D ultrasound visualization (Kazunori Baba/Akihiko Kikuchi)
• 6:20 -6:30 PM Discussion
• 6:35-6:55 PM Mini demonstration:Segmentation image of the fetal choroid plexus (Sonia Pujol/Rie Oyama)
• 7:00PM Social event, attendee get together

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• April 11, 2013 Full workshop/3D Slicer

Target audience: Engineers, Radiologists, Neologists, Obstetricians, Gynecologists, Neurosurgeons, Fellows, and Residents

• 9:00-9:10 AM Opening remarks by the organizer (Toru Sugiyama/Nobuhiko Hata)
• 9:10-10:20 AM Data Loading and 3D Visualization (Sonia Pujol/Nobuhiko Hata)
• 10:20-11:20 AM Diffusion Tensor Imaging Tutorial (Sonia Pujol/Nobuhiko Hata)
• 11:20-12:20 AM Special lecture: 3D Slicer for Clinical Research (Ron Kikinis) Moderator: Professor Sugiyama
• 12:20-1:00 PM Lunch and product demonstration by the industrial sponsors
• 1:00-2:00 PM Neurosurgical Planning Tutorial: white matter exploration of neurosurgical data (Sonia Pujol/Nobuhiko Hata)
• 2:00-2:30 pm Lecture: The DTI tractography Challenge for Neurosurgical Planning (Sonia Pujol)
• 2:30-2:45 PM Discussion Coffee break
• 2:45-3:15PM Brain segmentation in fetal ultrasound (Rie Oyama)
• 3:15-3:20PM Medical Image processing research with Slicer (Sonia Pujol)
• 3:20- 3:30PM Closing remarks (Tatsuya Honda)

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Preparation

For this session, please download the following software and datasets:

• Software
  • 3DSlicer version 4.2.1 stable release
• Dataset
  • Dataset 1: 3D Visualization Data
  • Dataset 2: DiffusionMR
  • Dataset 3: Neurosurgical Planning

Place

• Iwate Medical University, Memorial Heart Center (10th Floor)

19-1 Uchimaru, Morioka, Iwate, Japan 0208505

Parking available at Iwate Medical University Hospital and Memorial Heart Center Parking Garage

Campus map of Iwate Medical University

Memorial Heart Center

Access

• Directions

Accommodations

• Hotel Metropolitan Morioka
• Route-Inn Morioka Ekimae
• Morioka New City Hotel
• Daiwa Roynet Hotel Morioka
• Hotel Royal Morioka

Organizers

• Toru Sugiyama, Iwate Medical University
• Nobuhiko Hata, Brigham Women's Hospital and Harvard Medical School
• Tatsuya Honda, Iwate Medical University
• Chizuko Isurugi, Iwate Medical University
• Rie Oyama, Iwate Medical University

Lecturers

• Ron Kikinis, Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School
• Nobuhiko Hata, Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School
• Kazunori Baba, Saitama Medical Center, Saitama Medical University
• Sonia Pujol, Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School
• Rie Oyama, Iwate Medical University

Organizers

• Iwate Medical University, Department of Obstetrics and Gynecology
• Brigham and Women's Hospital
• National Alliance for Medical Image Computing
• National Center for Image Guided Therapy
• Promotion Plane for the Platform of Human Resources Development for Cancer

Sponsors

• AZE of America
• SAMSUNG ELECTRONICS JAPAN

Past Events

• 98th Annual Meeting of the Radiological Society of North America (RSNA 2012) Chicago, IL, USA

• Professor Ron Kikinis giving a lecture at the Slicer-Hands-On Meeting Tokyo Women’s Medical University in 2010.

• Lecture by Dr. Nobuhiko Hata at the Slicer-Hands-On Meeting Tokyo Women’s Medical University in 2010.

Registration

• Free
• To sign up for this event, please send your information (name, organization, type of operating system) by e-mail to Nobuhiko Hata, PhD (hata@bwh.harvard.edu).

NA-MIC Events

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Japanese Version

Image-Guided Therapy Research using Open Source Free Software 3D Slicer

Ultrasound Workshop at Iwate Medical University, April 10-11, 2013.

このワークショップはオープンソースソフトウェア3D Slicer を用いて画像誘導手術向けシュミュレーション, ナビゲーション勿論のこと本会の特徴は従来の医用画像CT, MRIに加え超音波画像処理について臨床医（脳外科, 外科, 放射線科, 泌尿器科, 小児科, 産婦人科等）・工学者・大学院生の現場に見合った基礎を含めた実践講義を目的とした事です. 特に, この度は臨床産科超音波画像を用いGrow Cut Segmentation と Label Statistics のデモンストレーションを行います. 特別講演は埼玉医療センター教授　馬場一憲先生 とBrigham and Women's Hospital and Harvard Medical School 教授　Ron Kikinis先生のお二方が3D超音波画像と3D Sliceについてレクチャーして下さいます. 馬場教授は3D超音波の開発, そしてRon 教授は3D Slicerの臨床用開発に携わり両教授は各分野でのエキスパートです. ワークショップは各々のパソコンにフトウェアをダンロードし, 皆さんが臨床で用いる画像データーを自身で3D Slicerにローデイングし先端画像処理を実践できます. ワークショップで用いるソフトウェアは無償でプログラムソースコードが公開されており, ソフトウェア終了後は皆さんのアイデアにより画像処理やシュミュレーション技術を探求する事が可能です. 同時に画層処理・技術探求について興味を抱いた方は講師からアドバイスを得る事が出来る機会でもあります. このワークショップは Brigham and Women's Hospital のIGT 研究所 の監修のもと開催されます.

日程

• ４月１０日　先端3D超音波画像診断・処理に関するワークショップ

• 午後4時から午後4時15分 開催挨拶(菊池明彦／波多伸彦）
• 午後4時15分から午後5時15分 特別講演　3D Slicerによる医用画像処理研究の現状と展望 /抄録/ [1](Ron Kikinis)　座長　波多伸彦
• 午後5時20分から午後6時20分 　特別講演　3D 超音波画像の構築法(馬場一憲)　座長　菊池明彦
• 午後6時20分から午後6時30分 質疑応答
• 午後6時35分から午後6時55分 3D Slicerを用いた3D超音波胎児画像処理のミニデモンストレーション(Sonia Pujol/小山理恵)
• 午後7時から 同会場にて講師との懇親会、意見交換会

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• ４月１１日　3D Slicerと3D超音波画像

• 午前9時から午前9時10分 主催者挨拶 (杉山徹/波多伸彦)、パソコン準備
• 午前9時10分から午前10時20分 Data Loading and 3D Visualization (Sonia Pujol/波多伸彦)
• 午前10時20分から午前11時20分 Diffusion Tensor Imaging Tutorial (Sonia Pujol/波多伸彦)
• 午前11時20分から午後12時20分 特別講演3D Slicer, 臨床への応用 (Ron Kikinis/ 杉山　徹)
• 午後12時20分から午後1時0分　　昼食及び協賛会社商品紹介
• 午後1時0分から午後2時0分　 Neurosurgical Planning Tutorial (Sonia Pujol/波多伸彦)
• 午後2:00分から午後2:30分 Lecture The DTI tractography Challenge for Neurosurgical Planning (Sonia Pujol)
• 午後2時30分から午後2時45分 質疑応答 Coffee break
• 午後2時45分から午後3時15分 胎児頭蓋内超音波画像のSegmentationの実際(小山理恵 )
• 午後3時15分から午後3時20分 3D Slicerを用いた先端医用画像研究(Sonia Pujol)
• 午後3時20分から午後3時30分 閉会の辞 (本田達也)

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参加要領

参加者は 講義当日までに各自のノートブックパソコンに下記に記したSlicerをダウンロードしてインストールしてきください. インストールは通常の商用ソフトと同様自動です. 主として医師、研修医、技師、理工学大学院生を対象としてカリキュラムは組まれています. 当日は有線ケーブルよるネットワークへの接続を行います（無線,有線LAN対応可). 可能な限り参加者ご自身で予め3D Slicerソフトウェア，サンプルデータ, チュートリアル資料をダウンロードしてご持参下さい. お時間の無い方は会場にてインストールのお手伝いを致します. その場合は恐れ入りますが３０分前までには会場へお越し下さい.

• 3D Slicerソフトウェア
  • 3DSlicer version 4.2.1 stable release
• データーセット
  • Dataset 1: 3D Visualization Data
  • Dataset 2: DiffusionMR
  • Dataset 3: Neurosurgical Planning
• チュートリアル
  • 3D Data Loading and Visualization
  • Diffusion Tensor Imaging Tutorial
  • Neurosurgical Planning Tutorial
  • The DTI tractography Challenge for Neurosurgical Planning
• Slicer日本語チュートリアル

以下のチュートリアルは、立命館大学情報理工学部　陳研究室の木西基（もとい）さんの協力を得て、翻訳作成されました。木西さんは立命館大学短期研修プログラムでSurgical Planning Laboratoryに滞在され、このスライドの作成に協力くださいました。

• • 3D Slicerの基礎(PPT)日本語
  • データの読み込みと表示(PPT)日本語
  • 自動画像統合(PPT)日本語

場所

• 岩手医科大学　循環器医療センター10階（岩手銀行と歯学部との間）

岩手県盛岡市内丸19-1, 020-8505.

岩手医科大学付属病院内, 周辺に有料駐車場が多数あります. しかし時間帶により混雑が予想されますので公共交通機関もしくは盛岡駅からの徒歩をお勧めします.

岩手医科大学内丸キャンパス

　

循環器医療センター

交通機関

• 新幹線, 航空路による盛岡までのアクセス
• 盛岡駅から岩手医科大学までタクシーで5~10分、バス(バスセンター行き岩手銀行前で降車)10分、徒歩15~20分.

宿泊

• ホテルメトロポリタン盛岡　本館
• ホテルルートイン盛岡駅前
• 盛岡ニューシティホテル
• ダイワロイネットホテル盛岡
• ホテルロイヤル盛岡

コースオーガーナイザー

• 杉山　徹 岩手医科大学
• 波多伸彦 Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School
• 本田　達也 岩手医科大学
• 岩動　ちず子 岩手医科大学
• 小山　理恵 岩手医科大学

講師

• Ron Kikinis Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School, **Kikinis先生の和文経歴はこちら
• 波多伸彦 Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School
• 馬場一憲 埼玉医科大学総合医療センター
• Sonia Pujol Brigham and Women’s Hospital and Harvard Medical School
• 小山理恵 岩手医科大学

主催

• 岩手医科大学医学部産婦人科学教室
• Brigham and Women's Hospital
• 米国医用画像解析連合 National Alliance for Medical Image Computing
• 米国画像誘導手術センター National Center for Image Guided Therapy
• がんプロフェッショナル養成基盤推進プラン

協賛

• AZE of America
• サムスン電子ジャパン

過去の国際セミナー

• 98回北米放射線学会 (RSNA 2012) シカゴ.

• Ron Kikinis教授の講演 Slicer-Hands-On Meeting 東京女子医科大学 2010.

• 波多伸彦准教授の講演 Slicer-Hands-On Meeting 東京女子医科大学 2010.

参加登録

• 参加費無料
• 参加希望者はroyama@bwh.harvard.eduまで名前, 所属, 使用パソコンのOSをお送りください.
• 締切り：4/8(月)
• 定員：20名程度

参加者リスト

• 1.伊藤　賢司　 岩手医科大学 医歯薬総合研究所 超高磁場MRI診断・病態研究部門
• 2.アデルジャン・イミティ　 岩手大学 工学研究科 機械・社会環境システム工学専攻
• 3.山下 典生 岩手医科大学 医歯薬総合研究所 超高磁場MRI診断・病態研究部門
• 4.黒田　敬 岩手医科大学形成外科学講座
• 5.柏谷　元 岩手医科大学形成外科学講座
• 6.別府　高明 岩手医科大学脳神経外科学講座
• 7.岩動（いするぎ)ちず子 岩手医科大学産婦人科学講座
• 8.千田 英之 岩手医科大学産婦人科学講座
• 9.古武 陽子 岩手医科大学産婦人科学講座
• 10.内田玉男　 サムスン電子ジャパン
• 11.武田梨梨江 サムスン電子ジャパン
• 12苫米地牧子　岩手医科大学放射線科学講座
• 13Keisuke Kakisaka 岩手医科大学消化器内科学講座
• 14樋口さとみ 岩手医科大学　超高磁場ＭＲＩ診断・病態研究部

謝辞

ワークショップ開催に至りご理解して下さいました岩手医科大学医学部部長　小林誠一郎教授. ワークショップ参加にご協力して下さいました岩手大学機械システム工学科　萩原義宏准教授. 岩手医科大学医学部　超高磁場先端MRI研究所 佐々木　真理教授.

会場ネットワーク設定は有限会社ヤマダプランニング様. 皆様に深く感謝致します.

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